戰(zhàn)略方向司令部的組建，可使各軍兵種和軍事集群在戰(zhàn)役-戰(zhàn)略層次上的戰(zhàn)場(chǎng)協(xié)同更為緊密，指揮員能夠在更廣闊的戰(zhàn)場(chǎng)空間和總體上把握戰(zhàn)區(qū)局勢(shì)，做出正確指揮決策。
蘇軍組建戰(zhàn)略方向司令部時(shí)曾擔(dān)心總參謀部、軍兵種司令部和軍區(qū)之間實(shí)行協(xié)同指揮會(huì)使軍事指揮體系更為復(fù)雜，實(shí)際運(yùn)行狀況正是這樣。另外，軍區(qū)的作戰(zhàn)指揮權(quán)移交給戰(zhàn)略方向司令部，遭到了軍區(qū)所屬相關(guān)人員的強(qiáng)烈抵觸。直至蘇聯(lián)解體，戰(zhàn)略方向司令部的職責(zé)關(guān)系一直沒(méi)有理清，同時(shí)也未被授予過(guò)指揮全權(quán)。最終，蘇軍總參謀部中止了戰(zhàn)略方向司令部的運(yùn)行。
第二階段是成立地區(qū)司令部和職能司令部階段。俄軍的第一次車臣戰(zhàn)爭(zhēng)失利，第二次車臣戰(zhàn)爭(zhēng)慘勝，與美軍在海灣戰(zhàn)爭(zhēng)、科索沃戰(zhàn)爭(zhēng)的輕松取勝形成了鮮明對(duì)比，促使俄軍啟動(dòng)了新一輪軍事指揮體制改革。
俄軍初始改革方案是賦予軍區(qū)司令部以戰(zhàn)役-戰(zhàn)略司令部的職能，組建聯(lián)合軍事指揮機(jī)構(gòu)，但未能成功，主要原因是當(dāng)時(shí)沒(méi)有對(duì)總參謀部進(jìn)行改革，軍區(qū)司令部得不到指揮權(quán)限。
2004年，俄軍解除了總參謀部的大部分軍事行政職能，只保留判斷軍事威脅、研究武裝力量使用、制定戰(zhàn)略與作戰(zhàn)計(jì)劃、組織軍事演習(xí)等與作戰(zhàn)有關(guān)的職能，將作戰(zhàn)指揮權(quán)下放，由國(guó)防部長(zhǎng)對(duì)武裝力量實(shí)現(xiàn)“一長(zhǎng)制”領(lǐng)導(dǎo)。
2005年，俄軍按地區(qū)和職能籌建作戰(zhàn)司令部，將軍兵種司令部、軍區(qū)和海軍艦隊(duì)的作戰(zhàn)指揮權(quán)移交給地區(qū)司令部和職能司令部。軍兵種司令部只負(fù)責(zé)管理、裝備和訓(xùn)練，軍區(qū)和海軍艦隊(duì)只承擔(dān)預(yù)備役訓(xùn)練、動(dòng)員與物資準(zhǔn)備、領(lǐng)土防御與戰(zhàn)場(chǎng)建設(shè)等任務(wù)。
地區(qū)司令部平時(shí)就擁有對(duì)軍區(qū)轄區(qū)內(nèi)各軍兵種部隊(duì)的指揮權(quán)，戰(zhàn)時(shí)無(wú)需調(diào)整就可以指揮本戰(zhàn)略方向上的作戰(zhàn)行動(dòng)。此前，軍區(qū)雖然具有地區(qū)司令部的大部分職能，但仍承擔(dān)著過(guò)多的軍事行政職能，且只對(duì)轄區(qū)內(nèi)的陸軍部隊(duì)擁有作戰(zhàn)指揮權(quán)，若要指揮其他軍兵種部隊(duì)，仍須通過(guò)軍兵種司令部和總參謀部協(xié)調(diào)。
這樣，最終將形成“總統(tǒng)-國(guó)防部長(zhǎng)（通過(guò)總參謀部）-作戰(zhàn)司令部”的作戰(zhàn)指揮體制以及“總統(tǒng)-國(guó)防部長(zhǎng)-軍兵種司令部”的行政管理體制，真正做到軍令軍政分開。
職能司令部包括戰(zhàn)略核力量、空天防御、機(jī)動(dòng)力量和戰(zhàn)略投送司令部等。地區(qū)司令部包括西部、南部和東部等3個(gè)。
俄國(guó)防部首先就東部地區(qū)司令部進(jìn)行試點(diǎn)，相繼舉行了“貝加爾-2006”、“東方-2007”、“地區(qū)-2007”、“阿穆?tīng)?rdquo;等大規(guī)模聯(lián)合軍事演習(xí)，檢驗(yàn)和評(píng)估從軍區(qū)制向跨軍兵種聯(lián)合司令部指揮體制轉(zhuǎn)變的效果和可行性。
演習(xí)表明，不對(duì)國(guó)防部和軍兵種司令部進(jìn)行配套改革，在頂層實(shí)行真正的軍政軍令分開，跨軍兵種聯(lián)合司令部指揮體制難以有效運(yùn)行。此外，地區(qū)司令部是疊加在軍區(qū)之上的重復(fù)指揮機(jī)構(gòu)，存在職責(zé)不清等問(wèn)題。另外，作戰(zhàn)指揮權(quán)集中于地區(qū)司令部和職能司令部，自然遭到失去作戰(zhàn)指揮權(quán)的軍兵種部隊(duì)的強(qiáng)烈抵制。2009年，地區(qū)司令部運(yùn)行中止。
第三階段是探索成立聯(lián)合戰(zhàn)略司令部階段。實(shí)際上，新4大軍區(qū)組建前的原6大軍區(qū)就扮演著地區(qū)司令部的角色，具有對(duì)轄區(qū)內(nèi)各軍兵種部隊(duì)組成的聯(lián)合部隊(duì)實(shí)施統(tǒng)一指揮的職能。至于使用“地區(qū)司令部”還是“軍區(qū)”的名稱問(wèn)題，俄軍則認(rèn)為并不十分重要，最重要的是，最高統(tǒng)帥部和軍區(qū)之間不要出現(xiàn)中間指揮環(huán)節(jié)，且必須確保軍區(qū)對(duì)各軍兵種部隊(duì)的直接指揮。
2009年，俄軍舉行了“秋季-2009”大規(guī)模軍事演習(xí)。演習(xí)表明，軍區(qū)制對(duì)俄羅斯西部和南部地區(qū)的戰(zhàn)略任務(wù)要求有不相適應(yīng)之處。俄羅斯決心對(duì)軍區(qū)轄區(qū)進(jìn)行調(diào)整，按戰(zhàn)略方向組建目前的4大軍區(qū)及聯(lián)合戰(zhàn)略司令部，這是俄羅斯對(duì)新的地緣戰(zhàn)略態(tài)勢(shì)、新對(duì)手、新威脅有了新認(rèn)識(shí)的結(jié)果，與《2009～2011年俄羅斯軍事改革規(guī)劃》和《2020年前俄羅斯聯(lián)邦國(guó)家安全戰(zhàn)略》中闡述的總體國(guó)家安全構(gòu)想保持一致。