1937年7月，日本發(fā)動(dòng)了全面的侵華戰(zhàn)爭(zhēng)，噩運(yùn)降臨中國(guó)，也同樣威脅到了“北京猿人”。1937年7月9日，即抗日戰(zhàn)爭(zhēng)爆發(fā)的第3天，周口店北京猿人遺址的考古發(fā)掘工作停止。日本人對(duì)北京猿人化石垂涎欲滴，但因其未進(jìn)行投資，無(wú)緣身列參觀研究之列。為了預(yù)防北京猿人化石落人日本人之手，珍珠港事件前夕，在瑞典人類(lèi)學(xué)家魏敦瑞的提議下，中國(guó)政府同意把北京猿人化石運(yùn)到美國(guó)暫時(shí)保存。1941年l 1月 20日下午，協(xié)和醫(yī)院負(fù)責(zé)文物庫(kù)房管理的技師胡承志得到指示將化石秘密裝箱。北京猿人的4件頭蓋骨、10余件下頜了大木箱，并貼上了封條，運(yùn)到美國(guó)大使館，準(zhǔn)備隨美國(guó)海軍陸戰(zhàn)隊(duì)運(yùn)往美國(guó)。正當(dāng)享受美國(guó)海軍陸戰(zhàn)隊(duì)專(zhuān)門(mén)押運(yùn)待遇的北京猿人化石“旅行”到秦皇島時(shí)，日本挑起了珍珠港事件。裝運(yùn)北京猿人化石的美國(guó)海軍陸戰(zhàn)隊(duì)也受到日本人的跟蹤，匆忙之中撞上了暗礁，不久沉沒(méi)。一支直接受命于日本天皇指揮的特種部隊(duì)很快找到了美國(guó)海軍陸戰(zhàn)隊(duì)的專(zhuān)列、存放北京猿人化石的碼頭，但當(dāng)木箱打開(kāi)時(shí)，所有在場(chǎng)的人都驚呆了，箱子里面竟是空的，北京猿人化石不翼而飛了!
北京猿人化石究竟到哪里去了呢?“二戰(zhàn)”后人們就在搜尋，但迄今仍渺無(wú)蹤影．成為歷史上一宗大的謎案。概括起來(lái)，目前有五種說(shuō)法：即私人得到說(shuō)、美國(guó)得到說(shuō)、日本得到說(shuō)、中國(guó)藏起來(lái)說(shuō)和海沉說(shuō)。
私人得到說(shuō)的人認(rèn)為：協(xié)和醫(yī)院文物庫(kù)房保管技師胡承志是最后一個(gè)見(jiàn)到和接觸北京猿人化石的人，而在他交出本箱后就逃離了協(xié)和醫(yī)院地質(zhì)研究所，胡承志的行跡讓人感到迷惑不解。有人發(fā)出疑問(wèn)：胡承志在木箱中到底裝了些什么? 有人懷疑：胡承志根本就沒(méi)有給北京猿人化石打包裝箱，他只是將兩只空箱交給了瑞典古人類(lèi)學(xué)家魏敦瑞的秘書(shū)息式白，自己將北京猿人化石藏了起來(lái)。另一個(gè)受到懷疑的就是這位息式白女士了，從接到本箱到交出本箱，中間約有兩個(gè)小時(shí)。有人懷疑：在此期間，息式自有充足的時(shí)間，轉(zhuǎn)移真箱．換上假箱，來(lái)了一個(gè)偷梁換柱。當(dāng)然受到懷疑的人還很多，但都缺乏充足的證據(jù)。
認(rèn)為北京猿人化石在美國(guó)的人認(rèn)為：早在珍珠港事件爆發(fā)以前，美國(guó)已經(jīng)預(yù)感目本將把注意力對(duì)準(zhǔn)協(xié)和醫(yī)院和地質(zhì)研究所，于是便背著中國(guó)人，暗地里偷梁換柱，以復(fù)制品代替真品繼續(xù)放在地質(zhì)研究所的保險(xiǎn)柜里．而將真品偷偷地運(yùn)往美國(guó)。還有人認(rèn)為，北京猿人化石并未裝上哈里遜號(hào)郵船，美國(guó)早把化石轉(zhuǎn)手運(yùn)走了。
認(rèn)為北京猿人化石在日本的專(zhuān)家認(rèn)為：北京猿人化石撤離協(xié)和醫(yī)院以后，按原計(jì)劃由美國(guó)海軍陸戰(zhàn)隊(duì)裝上哈里遜總統(tǒng)號(hào)運(yùn)往美國(guó)，但哈里遜總統(tǒng)號(hào)卻被日軍繳獲了，化石也被截留，所以很可能至今還藏在日本。“二戰(zhàn)”后．美國(guó)曾在日本進(jìn)行了廣泛的搜尋，但仍無(wú)收獲，我國(guó)考古學(xué)家李濟(jì)先生也曾先后五次到日本搜尋北京猿人化石，同樣是徒手而歸。
海沉說(shuō)的人認(rèn)為：北京猿人化石裝箱后運(yùn)到秦皇島港，并 在此港運(yùn)上了哈里遜號(hào)郵船，在赴美途中，因船遭難而一起沉沒(méi)在海底了。還有人進(jìn)一步推測(cè)，這次沉沒(méi)海底后，被錠者找到，錠者也被日本人殺人滅口了．北京猿人化石由一艘日本駁船裝載直接開(kāi)往橫濱。但駁船剛駛離秦皇島不遠(yuǎn)，就遭遇了美國(guó)空軍的襲擊，化石隨駁船沉沒(méi)到了渤海灣附近海域。如果事實(shí)如此，則北京猿人從山洞中現(xiàn)身，又隱沒(méi)在了深不可測(cè)的海里了。
北京猿人化石失蹤之后，曾經(jīng)有許多人為尋找北京猿人化石的下落而四處奔波。在1972年．有一位名叫詹姆斯的美國(guó)商人懸賞5000美元給能提供北京猿人化石下落消息的人。當(dāng)時(shí)紐約有位老太太聲稱其丈夫從中國(guó)帶回一箱化石，并索價(jià)50萬(wàn)美元，但從她提供的實(shí)物照片看，它們并不是北京猿人化石。這些無(wú)價(jià)的北京人化石究竟在哪里，至今下落不明，從而成為一個(gè)讓人不解之謎。