大多數(shù)人最初知道方舟子，是因?yàn)樗种院愕膶W(xué)術(shù)打假。在他看來，自己因"打假"出名，同樣因"打假"給家人帶來了無盡麻煩。這條毀譽(yù)參半的路，貫穿方舟子的一年。
2013年，因指劉菊花（方舟子妻子）碩士論文造假，60歲的中國(guó)科學(xué)院植物研究所研究員傅德志成為被告。這場(chǎng)始于2011年的風(fēng)波至今沒有平息，有網(wǎng)文言之鑿鑿"：據(jù)分析，劉菊花論文80%為抄襲"，在無數(shù)寄望方舟子大義滅親打假的注視下，他選擇為妻子辯護(hù)。也正是從這天開始，這位打假者每天都要面對(duì)同樣的問題：你打假為什么有雙重標(biāo)準(zhǔn)？
記者：我想跟您做一個(gè)假設(shè)，如果她不是您的愛人，把她的學(xué)術(shù)成果放到您的面前，您能挑出問題嗎？
方舟子：要挑的話看按什么標(biāo)準(zhǔn)，她主要是引用的問題。她那篇論文后面也有80篇文獻(xiàn)出處，引用別人的東西，摘錄下來就不做改寫了。按現(xiàn)在的標(biāo)準(zhǔn)這是不妥的，但是在十年前是沒有這些要求的。
記者：您在學(xué)術(shù)打假這方面的經(jīng)驗(yàn)，實(shí)際上你已經(jīng)具備了比較靈活地去運(yùn)用這個(gè)標(biāo)準(zhǔn)的能力，也就是說在應(yīng)用到不同人身上的時(shí)候這個(gè)尺度是會(huì)有一些差別的。
方舟子：是會(huì)有，所以他們一直說我選擇性打假，本來就是應(yīng)該選擇性的打假，那么多我怎么可能什么事都管？我只是業(yè)余的在做，義務(wù)地在做。首先我不認(rèn)為老婆的假值得打，類似的什么沒發(fā)表的碩士學(xué)位論文，這個(gè)我們從來是不打的，即使是說真的是假的話，那么我也有回避的權(quán)利。
被罵過，被威脅過，甚至被錘子砸過，方舟子仍蹲守在最初給自己劃下的圓里。對(duì)于敏感的經(jīng)濟(jì)問題，他的回答底氣十足。
方舟子：可以說的是，如果說像傳說中的我買了一幢400萬人民幣的房子，按我的收入的話這是很正常的做法，400萬元人民幣的房產(chǎn)在美國(guó)那是很普通的。我不知道為什么他們覺得這件事是大不了的，覺得我應(yīng)該是個(gè)窮人。我稿酬那么高，書銷量那么好，版稅也不低，我現(xiàn)在可能是全中國(guó)銷量最大的一個(gè)科普作家。
三十年前的方舟子曾是家鄉(xiāng)的高考語文單科第一名。在他已棄用的新浪微博簽名中，仍然是他的詩(shī)，"請(qǐng)傳遞這一把火直到百年之后我所有絕望的嘶叫凝固"。他不喜歡"偏執(zhí)"這個(gè)詞兒，但他又與別人有著太多不同。
記者：如果讓此刻的方舟子去挑十年前、二十年前方舟子的刺兒，能挑出來嗎？
方舟子：挑不大出來，挑不出來的，不要說我本人挑不出來，他們那些反對(duì)我的人，他們?nèi)ヌ粑业恼撐囊矝]挑出來啊。
記者：論文之外呢？您是一個(gè)不犯錯(cuò)誤的人嗎您覺得？
方舟子：犯錯(cuò)誤當(dāng)然肯定會(huì)犯，也會(huì)被發(fā)現(xiàn)錯(cuò)誤，一發(fā)現(xiàn)錯(cuò)誤趕快就更正。
方舟子說，少年時(shí)，自己最喜歡的詩(shī)句是杜甫的"兩個(gè)黃鸝鳴翠柳，一行白鷺上青天"，天朗氣清，山高水長(zhǎng)。而此刻他的生活，遠(yuǎn)沒有詩(shī)的閑適。（中新網(wǎng)）