原標(biāo)題:你的成果靠譜嗎?——高影響力癌癥研究可再現(xiàn)性項(xiàng)目引全球關(guān)注
美非營(yíng)利機(jī)構(gòu)計(jì)劃對(duì)全球50篇重要癌癥生物學(xué)研究成果進(jìn)行可再現(xiàn)性研究,這一舉動(dòng)引發(fā)廣泛爭(zhēng)議。圖片來(lái)源:DAVIDE BONAZZI
2013年10月,Richard Young收到一封措辭有禮但語(yǔ)氣堅(jiān)定的郵件。發(fā)件人是“調(diào)查癌癥生物學(xué)研究可再現(xiàn)性”研究小組的成員。Young是美國(guó)麻省理工學(xué)院一名生物學(xué)家,他之所以收到這封郵件,是因?yàn)?012年他曾在《細(xì)胞》雜志發(fā)表了一篇關(guān)于“一種叫作原癌基因的蛋白如何刺激腫瘤生長(zhǎng)”的文章。這篇文章作為50篇影響力最高的論文之一,被一項(xiàng)名為“癌癥生物學(xué)”的可再現(xiàn)性研究項(xiàng)目選中進(jìn)行復(fù)查。郵件稱(chēng),該復(fù)查小組可能在研究材料和實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)方面需要課題組的幫助和建議。該郵件還承諾,復(fù)查項(xiàng)目將“共享研究步驟”以確保“公正再現(xiàn)性研究”。
Young表示,歐洲一家實(shí)驗(yàn)室已經(jīng)發(fā)表過(guò)對(duì)其研究進(jìn)行的再現(xiàn)性實(shí)驗(yàn)結(jié)果。盡管如此,該項(xiàng)目代表回復(fù)稱(chēng),他們依然想要重復(fù)實(shí)驗(yàn),而且需要關(guān)于這項(xiàng)研究的更多流程方面的信息。經(jīng)過(guò)數(shù)周郵件往來(lái)之后,Young 課題組的研究生和博士后給該項(xiàng)目小組提供了許多復(fù)雜的細(xì)節(jié)以解釋研究過(guò)程,但該項(xiàng)目組稱(chēng),他們不想重現(xiàn)這篇《細(xì)胞》文章中提到的30個(gè)左右的實(shí)驗(yàn),他們只想要一個(gè)關(guān)鍵數(shù)據(jù)中描述的4個(gè)實(shí)驗(yàn)。而那些實(shí)驗(yàn)的再現(xiàn)性研究并不是由在相同領(lǐng)域工作的學(xué)界實(shí)驗(yàn)室操作,而是由一個(gè)不知名的協(xié)約研究機(jī)構(gòu)操作。
今年1月,這個(gè)癌癥再現(xiàn)性研究項(xiàng)目公開(kāi)了其進(jìn)行可再現(xiàn)性實(shí)驗(yàn)的標(biāo)準(zhǔn)。于是,Young開(kāi)始等待進(jìn)一步了解他的研究在該項(xiàng)目手中是否能站得住腳。Young表示,如果該項(xiàng)目的實(shí)驗(yàn)結(jié)果與他的實(shí)驗(yàn)結(jié)果相匹配,則沒(méi)什么好奇怪的——因?yàn)檫@篇文章的結(jié)果已經(jīng)通過(guò)了可再現(xiàn)性研究。如果結(jié)果不匹配,那么問(wèn)題可能是這個(gè)再現(xiàn)性實(shí)驗(yàn)室缺失專(zhuān)業(yè)技能。無(wú)論如何,這項(xiàng)可再現(xiàn)性項(xiàng)目看起來(lái)都是在浪費(fèi)時(shí)間,Young說(shuō)。“我是可再現(xiàn)性研究的鼎力支持者,但是(他們的)機(jī)制并不是驗(yàn)證可再現(xiàn)性的方法。”
令人不悅的驗(yàn)證研究
Young的回應(yīng)是受到癌癥可再現(xiàn)性項(xiàng)目復(fù)查的研究人員的典型反應(yīng)。該項(xiàng)目是一項(xiàng)雄心勃勃的開(kāi)放科學(xué)計(jì)劃,旨在檢驗(yàn)《科學(xué)》《自然》《細(xì)胞》和其他頂級(jí)期刊發(fā)表的重要成果是否可以在獨(dú)立的實(shí)驗(yàn)室中再現(xiàn)。該項(xiàng)目針對(duì)的幾乎所有科學(xué)家均表示,癌癥生物學(xué)和其他許多領(lǐng)域一樣,經(jīng)常被證明不能再現(xiàn),其中的原因包括諸如有問(wèn)題的試劑、變化無(wú)常的生物系統(tǒng)等。
該項(xiàng)目表示,將在接下來(lái)幾個(gè)月公布研究結(jié)果。事實(shí)上,被調(diào)查的科學(xué)家?guī)缀鯖](méi)人對(duì)這項(xiàng)特別的研究感到舒服,他們的反應(yīng)包括從厭倦到擔(dān)心,再到憤怒。“這是一項(xiàng)令人尊重的、雄心勃勃的項(xiàng)目。我很喜歡它的理念。”坎布里奇市博大研究院癌癥遺傳學(xué)家Todd Golub說(shuō),他的一篇文章也在被驗(yàn)證之列。但是,他也對(duì)“一個(gè)聘用并無(wú)較深專(zhuān)業(yè)技能科學(xué)家的獨(dú)立研究小組,卻要再現(xiàn)花費(fèi)數(shù)十年的復(fù)雜、煩瑣的實(shí)驗(yàn)感到擔(dān)心”。
Golub和其他人擔(dān)心,如果這項(xiàng)癌癥可再現(xiàn)性項(xiàng)目宣稱(chēng),被檢測(cè)的50篇文章中的許多研究結(jié)果都未能通過(guò)驗(yàn)證,可能會(huì)有損個(gè)人名譽(yù),從而損害公眾對(duì)于生物醫(yī)學(xué)研究的支持。“我真的希望,這些人明白他們肩負(fù)的責(zé)任有多大。”德國(guó)圖賓根大學(xué)癌癥生物學(xué)家Lars Zender說(shuō)。
對(duì)于臨床前期基礎(chǔ)研究的可再現(xiàn)檢驗(yàn)并不是新話題,但其關(guān)注點(diǎn)聚焦于癌癥生物學(xué)研究卻是從3年前開(kāi)始。當(dāng)時(shí)一篇發(fā)表于《自然》的研究稱(chēng),美國(guó)安進(jìn)生物技術(shù)公司的53篇備受矚目的研究論文中,僅有6篇的研究結(jié)果可以再現(xiàn)。
安進(jìn)方面爭(zhēng)論稱(chēng),未能再現(xiàn)的數(shù)據(jù)主要?dú)w咎于藥物研究的高昂成本和臨床實(shí)驗(yàn)的失敗。實(shí)際上,一年前,安進(jìn)公司就因?yàn)椴荒艽_定一篇發(fā)表在《細(xì)胞》上的關(guān)鍵研究結(jié)果而被迫放棄了尋找一種靶向STK33癌癥蛋白的藥物研究項(xiàng)目。
讓很多人沮喪的是,上述評(píng)論的作者(一人是離開(kāi)安進(jìn)公司后成為一名咨詢師的Glenn Begley,另一人是休斯敦得克薩斯州立大學(xué)MD安德森癌癥中心的Lee Ellis)表示,由于和一些實(shí)驗(yàn)室簽訂了保密協(xié)議,他們不能公開(kāi)其可再現(xiàn)性研究數(shù)據(jù),而且也不能公開(kāi)相關(guān)論文的題目。但是,現(xiàn)在賓夕法尼亞州馬爾文市TetraLogic 制藥公司工作的Begley隨后在《自然》發(fā)表了一篇評(píng)論文章,說(shuō)明了他發(fā)現(xiàn)的6個(gè)主要問(wèn)題,包括缺乏適當(dāng)?shù)目刂啤㈠e(cuò)誤的數(shù)據(jù)以及驗(yàn)證試劑的失敗等。
不僅昂貴而且耗時(shí)
在安進(jìn)事件發(fā)生的同時(shí),癌癥生物學(xué)家Elizabeth Iorns啟動(dòng)了“可再現(xiàn)性計(jì)劃”。該計(jì)劃旨在通過(guò)她建立的一個(gè)名為“科學(xué)交流”的1000個(gè)協(xié)約實(shí)驗(yàn)室網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng),在收取一定費(fèi)用后對(duì)生命科學(xué)實(shí)驗(yàn)進(jìn)行再現(xiàn)性驗(yàn)證。但是Iorns必須要給檢驗(yàn)學(xué)術(shù)研究成果拉取資金,這些驗(yàn)證工作從癌癥生物學(xué)開(kāi)始。這讓她和弗吉尼亞大學(xué)心理學(xué)家Brian Nosek建立的開(kāi)放科學(xué)中心之間有了聯(lián)系,該中心旨在提高科學(xué)透明度。
Nosek的開(kāi)放科學(xué)中心一開(kāi)始通過(guò)招募科學(xué)界的志愿者對(duì)心理學(xué)研究成果進(jìn)行再現(xiàn),隨后雙方的合作使該中心有了一個(gè)新的方向。但是對(duì)于癌癥研究的可再現(xiàn)性來(lái)說(shuō),由于相關(guān)實(shí)驗(yàn)涉及混亂的“濕”生物學(xué),項(xiàng)目組織者決定給隸屬于科學(xué)交流系統(tǒng)的實(shí)驗(yàn)室支付一定資金。
Iorns和同事隨后列出了在2010~2012年間引用量最大的50篇文章的名錄。其內(nèi)容覆蓋從腫瘤新蛋白藥物目標(biāo)到腸道微生物在癌癥中的角色等癌癥研究領(lǐng)域最熱門(mén)的話題。而勞拉和約翰·阿諾德基金會(huì)資助的130萬(wàn)美元(平均每篇文章的驗(yàn)證費(fèi)用可達(dá)2.6萬(wàn)美元)讓Iorns選出的每一篇文章都有足夠經(jīng)費(fèi)對(duì)關(guān)鍵實(shí)驗(yàn)進(jìn)行可再現(xiàn)性研究。結(jié)果已經(jīng)表明,收集所需要的全球信息以重現(xiàn)一項(xiàng)實(shí)驗(yàn),甚至是算出要利用多少實(shí)驗(yàn)動(dòng)物,“比我們想象的更加復(fù)雜,而且耗時(shí)更長(zhǎng)”。Iorns說(shuō)。
讓此次可再現(xiàn)性實(shí)驗(yàn)更具沖擊力的是,該團(tuán)隊(duì)計(jì)劃通過(guò)和開(kāi)放獲取期刊e-life合作,在驗(yàn)證工作開(kāi)始之前,對(duì)每一項(xiàng)實(shí)驗(yàn)發(fā)表一份同行評(píng)議研究方案。“這可以讓原作者和外圍科學(xué)家提供關(guān)鍵的信息。”此次可再現(xiàn)項(xiàng)目負(fù)責(zé)人、非營(yíng)利性開(kāi)放科學(xué)中心工作人員Timothy Errington說(shuō),他知道這次審核在科學(xué)界引起了不安。到目前為止,該項(xiàng)目已經(jīng)發(fā)表了11份協(xié)議。它希望可以于今年秋季在e-life上公布第一批實(shí)驗(yàn)結(jié)果,并在2017年年底公布所有50篇文章的驗(yàn)證結(jié)果。
在批評(píng)中前行
盡管Errington表示,很多實(shí)驗(yàn)室對(duì)于參與此次實(shí)驗(yàn)都是“興奮”和“喜悅”的,但實(shí)際采訪情況似乎并非如此。在50篇論文的主要學(xué)術(shù)負(fù)責(zé)人中,約有1/4受訪者表現(xiàn)出的態(tài)度甚至完全相反。其中很多人表示,這項(xiàng)研究已經(jīng)對(duì)他們的實(shí)驗(yàn)和工作時(shí)間造成了嚴(yán)重干擾,幾個(gè)月內(nèi)要發(fā)30封甚至更多郵件。為了填寫(xiě)協(xié)議細(xì)節(jié)以及從合作者那里了解信息,這些工作相當(dāng)于一名研究生滿滿2周的工作量。Errington也承認(rèn),目前一些小組已經(jīng)推諉或是停止和他們溝通,至少暫時(shí)如此。
對(duì)于很多科學(xué)家來(lái)說(shuō),最大的憂慮是進(jìn)行這些可再現(xiàn)研究的實(shí)驗(yàn)室的性質(zhì)。他們認(rèn)為,以為協(xié)約實(shí)驗(yàn)室或大學(xué)核心設(shè)施能夠重現(xiàn)學(xué)術(shù)界研究人員的高度專(zhuān)業(yè)化團(tuán)隊(duì)做出的結(jié)果并不現(xiàn)實(shí)。“一名研究生要花費(fèi)數(shù)年才能完美地掌握一種新研究方案。”Young說(shuō)。此外,現(xiàn)在加利福尼亞州舊金山南部Calico生命科學(xué)研究機(jī)構(gòu)工作的Jeff Settleman離開(kāi)學(xué)術(shù)界進(jìn)入產(chǎn)業(yè)界工作已有5年,他也贊同Young的觀點(diǎn)。“給我和名廚茱莉亞·蔡爾德同樣的配方,你也不能指望我可以做出同樣美味的佳肴。”他說(shuō)。他本人也有兩篇文章位于可再現(xiàn)性驗(yàn)證的名單中。
而癌癥可再現(xiàn)性項(xiàng)目背后的科研人員忽略了這些批評(píng)聲音。Iorns表示,協(xié)約實(shí)驗(yàn)室和核心設(shè)施人員都“高度訓(xùn)練有素”,而且通常比原研究者身邊的技術(shù)人員“有更強(qiáng)的專(zhuān)業(yè)技能”。她還表示,項(xiàng)目組中的一些研究人員要花費(fèi)更多時(shí)間和精力發(fā)送資料,是因?yàn)樗麄兊难芯空撐闹腥狈﹃P(guān)鍵的信息。
此外,Settleman還建議,期刊和評(píng)審員應(yīng)該要求設(shè)計(jì)更加嚴(yán)密的實(shí)驗(yàn),并且要求研究人員提供支撐關(guān)鍵研究結(jié)果的資料。很多期刊已在加強(qiáng)評(píng)審標(biāo)準(zhǔn),比如要求研究方仔細(xì)審查一項(xiàng)申請(qǐng)的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)。
Irons也認(rèn)為確實(shí)需要類(lèi)似的改革,但是對(duì)于這些高影響力論文的審核也要仔細(xì),因?yàn)檫@些研究在塑造著新癌癥治療途徑的探索方法。她認(rèn)為,科學(xué)界“不應(yīng)該擔(dān)心名譽(yù)受損以及威脅到聯(lián)邦經(jīng)費(fèi)支持,而應(yīng)該擔(dān)心這些文章的驗(yàn)證結(jié)果”。